We zijn nu een paar honderd jaar verder. Mensen komen in opstand tegen de Rooms Katholieke Kerk en vanaf 1566 raasde de Beeldenstorm over ons land. De Rooms-Katholieke koning Philips II van Spanje liet het er niet bij zitten en stuurde Alva met een leger naar de opstandige Nederlanden. Van 1572 tot 1573 werd Haarlem door de Spanjaarden belegerd. en daarna van 1573 tot 1574 de stad Leiden. De Bollenstreek lag hiertussen en had veel te lijden van de oorlogshandelingen. Het ene moment kwamen de Spanjaarden vanuit Haarlem door Hillegom en op het andere moment trokken de Geuzen door Hillegom naar het noorden.

Ondertussen in 1573 werd de Katholieke godsdienst in de Hollandse kerken verboden en kwam de Maartenskerk in Protestantse handen. Lang hebben de protestanten in ieder geval niet van “hun” kerk kunnen genieten. Tussen 1575 en 1579 brandde de Maartenskerk namelijk helemaal uit. Alleen de toren was onbeschadigd als gevolg van de oorlogshandelingen. Ook ’t Hof van Hillegom en de pastorie in de Paepelaan (nu Hofstraat) werden zwaar beschadigd.

Op 1 maart 1577 vertrokken de Spaanse legers voorgoed uit onze streek. Deze laatste drie jaren hadden een zware tol geeist van Hillegom. Van de 57 huizen die Hillegom toen telde waren er 53 verbrand. Hillegom lag in puin en was een spookdorp geworden.

In 1589 was het koor van de kerk weer hersteld zodat daar gekerkt kon worden. Het duurde echter tot 1660 voordat het schip van de kerk weer een dak kreeg door een gift van Jan Six I en zijn schoonvader Nicolaas Tulp (van de anatomische les van Rembrandt).

De kerk werd te oud en veel te klein. Er moest wat gebeuren; het kon zo niet verder volgens de kerkvoogden. De welvaart wordt steeds hoger, villa’s verrijzen, maar de kerk was een onooglijk en ongeriefelijk huis.

On oktober 1928 viel de beslissing tot herbouw van het schip van de kerk. Aan de architect Kloot Meyburg uit Voorburg werd opgedragen een tekening en kostenraming te maken met als limiet het bedrag van 100.000 gulden. Om ruimte te krijgen voor het schip en het niet te plomp te maken moest een deel van het oude middeleeuwse koor worden afgebroken. Zonde, zonde….maar het is niet anders.

De gebroeders Griekspoor gingen voortvarend aan het werk met het slopen van het schip. Ze hadden het sloopmateriaal gekocht voor 2000 gulden. Het puin werd afgevoerd naar de Zuiderzeewerken. Ergens in de dijken van het IJsselmeer zit nu nog een heel stuk Hillegomse historie. 

Toen het nieuwe schip klaar was, was het inderdaad een prachtig resultaat waarin de Amsterdamse School duidelijk te herkennen is (bijvoorbeeld op de wijze waarop de dakspanten rusten op de muren.